Süngerbob: Korsan Macerası, SüngerBob'un derin denizdeki maceralarını ve Uçan Hollandalı'nın hayaletiyle yüzleşmesini konu ediyor. SpongeBob, Bay Krabs'a gerçekten çok cesur bir sünger olduğunu kanıtlamak ister. Bu amaçla, efsanevi korsan Uçan Hollandalı'nın hayaletiyle yüzleşmek üzere daha önce hiçbir Sünger’in gitmediği, uçsuz bucaksız okyanusun en derinliklerine iner.